Отставной полковник неопределённой центральноамериканской национальности и знакомый Кена Розенберга. Он помог установить причину неудавшегося обмена, из-за которого Томми Версетти оказался в Вайс-Сити, но не имеет отношения к засаде, которая привела к срыву сделки. Томми лично встречает Кортеса на неофициальной вечеринке на экстравагантной яхте Полковника.

Томми постоянно спрашивает Кортеса, когда получит возмещение за потерянные деньги, но Кортес говорит Томми, что тот «больше не в Либерти», и даёт ему задания, которые Томми выполняет, хотя Кортес установил свои собственные «методы исследования» для раскрытия того, кто устроил засаду на сделке Томми. Кортес более или менее обманывает Томми, используя его долг перед семьёй, чтобы тот работал на него. Однако, Кортес не циник и ведёт себя благородно, платя Томми за работу и думая о нём как о друге. Во время своего расследования Кортес обнаруживает, что его лейтенант, Гонсалес, слил кому-то информацию о сделке Томми. Позже он подозревает, что Рикардо Диас виновен в засаде, и Томми убеждается в истинности этого.

Кроме вечеринок, Полковник также связан со многими областями преступной деятельности, включая наркотики, огнестрельное оружие и кражу военных тайн. В миссии Перестрелка на Аллее Кортес посылает Томми отыскать некие чипы, содержащие информацию об оружии высшей секретности, украденную у французского правительства курьером. Томми находит курьера и обнаруживается Французской Секретной Службой, что вынуждает Курьера бежать, а Томми догнать и убить его, чтобы взять чипы. Когда французы начинают преследовать Полковника Кортеса, чтобы вернуть свои чипы с «ракетной технологией», он просит у Томми помощи ещё раз, чтобы бежать из Вайс-Сити в более безопасную гавань на своей яхте. Понимая, что Полковник благородный человек, Томми соглашается и парирует атаки французских сил вместе с командой Кортеса и самим Кортесом. Как только теплоход отрывается от преследователей, Кортес любезно дарит Томми роскошный быстроходный катер и просит, чтобы тот позаботился о его дочери Мерседес.

Кортес снова звонит после заключительной миссии, чтобы пожелать Томми всего хорошего, и спросить о своей дочери, которая, как он слышал (к его большому беспокойству), собиралась стать адвокатом. Томми говорит, что он ошибается, больше для успокоения Полковника (он, очевидно не знал, что она вместо этого играет главную роль в порнографическом фильме, произведённом киностудией Томми).

Хуан Кортес был озвучен Робертом Дави.