GTA San Andreas отличается от двух предыдущих частей серии игр существованием целого ряда мифов вокруг неё, появлению которых способствовала большая территория штата, требующая много времени на изучение. Вскоре после выхода игры на многих форумах стали появляться сообщения об открытых в Сан-Андреасе НЛО, снежном человеке и «кожаном лице» с приведёнными скриншотами. Однако все доказательства оказались поддельными. Бытовали и менее известные мифы (о наличии в игре Лох-Несского чудовища, некоего «серийного убийцы», призрака матери Карла Джонсона, а также о загадках связанных с инвалидной коляской на пирсе озера, в деревне Паломино Крик и религиозным культом «Эпсилон»), также не получившие никаких достоверных подтверждений. Единственной «загадкой», реально выявленной в игре, стал так называемый «автомобиль-призрак» — эффект, наблюдаемый в Back o’ Beyond и вызванный тем, что разработчики поместили пустую машину на склон холма (в результате чего с определённого ракурса можно наблюдать, как она съезжает вниз сама по себе).

В игре имеется множество пасхальных яиц. Одним из наиболее известных об этом факте является табличка на вершине опоры моста Гант, с надписью «There are no Easter Eggs. Go away» — «Здесь нет пасхальных яиц, уходи отсюда» и табличка рядом с южным концом моста, которая описывает его характеристики как игрового объекта (вес в байтах, прорисовка, текстуры и т. д.).

Во время миссии в «Зоне 69» в одной из лабораторий можно заметить на столе монтировку — явный намек на Half-Life.

В районе Оушен Флэтс, что в Сан-Фиерро, на витрине Ammu-Nation можно заметить три слова: GUNS, GUNS, GUNS — код GUNSGUNSGUNS в GTA 3 давал оружие.